Platform of The Mother Church in Boston 1879 forderte eine winzige Gemeinde in Lynn Mrs. Eddy auf, ihr Pastor zu werden. Sie hielt diesen Posten zuerst in Lynn und dann in Boston inne. Zehn Jahre später, als die Gemeinde wuchs, trat sie von diesem Amt zurück und verließ Boston. Vorerst predigten andere weiterhin in ihrer Kirche.
In den Jahren 1894 und 1895 machte Mrs. Eddy Schluss mit persönlichen Predigten in den Kirchen Christi, Wissenschaftler auf der ganzen Welt. Von nun an hörten die Gemeinden der christlich-wissenschaftlichen Kirchen eine ganz andere Art von Predigt: Zwei Laien lesen ausgewählte Abschnitte aus der Bibel und aus Wissenschaft und Gesundheit. Eine Auswahl von Zitaten aus diesen Büchern bildet die Lektionspredigten, deren 26 Themen nach gründlicher Überlegung von Mrs. Eddy zusammengestellt wurden. Die Lektionspredigten erscheinen vierteljährlich und werden während der Woche von Tausenden von Christlichen Wissenschaftlern studiert.
In der ersten Ausgabe des Kirchenhandbuchs im Jahr 1895 ordinierte Mrs. Eddy die Bibel und Wissenschaft und Gesundheit zum Pastor der Mutterkirche und ihrer Zweige.