Mrs. Eddys gemietetes Haus in der La reorganización de su iglesia comenzó en 1889, cuando la Sra. Eddy dejó Boston y se estableció en Concord, Nuevo Hampshire. Después de dos décadas de ardua labor en Lynn y en Boston, ella sintió que era hora de apartarse de las incesantes demandas de su tiempo, y dedicarse a otras necesidades. Primero, ella necesitaba revisar Ciencia y Salud.
Luego, ella necesitaba proteger su descubrimiento reformando y mejorando las organizaciones que había establecido. Comenzó por desmantelarlas. Primero, renunció como pastora de la iglesia en Boston. Luego disolvió la organización de sus propios estudiantes (la Asociación de Científicos Cristianos), cerró el Colegio Metafísico de Massachusetts, e instruyó a la Asociación Nacional de Científicos Cristianos (que se reunía anualmente) a dejar de reunirse por tres años. Finalmente, disolvió el gobierno formal de la Iglesia de Cristo (Científico) en Boston. La iglesia continuó, con el aliento de ella, celebrando los servicios religiosos dominicales, reteniendo predicadores y conduciendo otras reuniones.
Estos pasos abrieron el camino para que ella completara una importante revisión de Ciencia y Salud —la 50ma edición, publicada en enero de 1891. Luego siguió un relato de su propia vida y obra en Retrospección e Introspección.
Der erste Vorstand der Christlichen Wissenschaft, Finalmente, en 1892, la Sra. Eddy se dedicó a reorganizar su iglesia. Creó la Escritura de Fideicomiso por la cual establecía la Junta Directiva de la Ciencia Cristiana como “un cuerpo o corporación perpetua” con el propósito de construir un edificio de iglesia y manejar los otros negocios de la iglesia.
Bajo su liderazgo, con esta Junta Directiva responsable de las actividades diarias, su iglesia fue reorganizada como La Iglesia Madre, The First Church of Christ, Scientist (La Primera Iglesia de Cristo, Científico), en Boston, Massachusetts. Las iglesias locales en todo el mundo serían las filiales de La Iglesia Madre. Hoy hay iglesias filiales en muchos países del mundo.