Mrs. Eddy’s rented house at La réorganisation de son église fut entreprise en 1889, lorsque Mary Baker Eddy quitta Boston pour aller s’installer à Concord (New Hampshire). Après dix années de labeur intense à Lynn et à Boston, elle sentit que le moment était venu de s’éloigner des exigences de sa fonction qui lui prenaient tout son temps pour répondre à d’autres besoins.
Tout d’abord, il lui fallait revoir Science et Santé.
Ensuite, il lui fallait réfléchir au moyen de protéger sa découverte en réformant et en améliorant les organisations qu’elle avaient fondées. Elle commença par les démanteler. D’abord, elle démissionna du poste de pasteur de l’église à Boston. (Elle fut ensuite appelée Pasteur émérite.)
Puis, elle dissout l’organisation de ses propres élèves (l’Association scientiste chrétienne), ferma le Massachusetts Metaphysical College et donna des instructions à l’Association nationale scientiste chrétienne (qui se réunissait chaque année) pour qu’elle suspende toute assemblée pendant trois ans. Enfin, elle démantela la partie administrative de l’Église du Christ (Scientiste) à Boston. Elle engagea l’église à continuer à tenir des services dominicaux, à avoir des prédicateurs et à tenir d’autres réunions.
Ces décisions lui laissèrent la voie libre pour terminer une révision majeure de Science et Santé, la 50e édition, publiée en janvier 1891. Cette parution fut suivie par la publication d’un court récit sur le sens de sa vie et de son œuvre intitulé, Rétrospection et introspection.
Christian Science Board of Directors in 1893: En 1892, Mary Baker Eddy entreprit de réorganiser son église. Elle signa un Acte de fidéicommis qui donna naissance au Conseil des directeurs de la Science Chrétienne, « un corps ou une corporation perpétuelle » ayant pour but de construire un édifice qui abriterait l’église et de gérer les autres affaires de l’église.
Sous sa conduite, avec ce Conseil responsable des affaires courantes, son église fut réorganisée sous le nom de L’Église Mère, La Première Église du Christ, Scientiste, à Boston, Massachusetts. Les églises locales, créées dans le monde entier, seraient appelées filiales de L’Église Mère. Aujourd’hui, il existe des églises filiales dans de nombreux pays.