No Manual da Igreja, os títulos de Descobridora, Fundadora e Líder estão exclusivamente associados a Mary Baker Eddy. Ela fundou o movimento da Ciência Cristã e sua igreja apoiando-se na oração em busca de orientação divina. Como Líder, ela indicou pessoalmente o caminho pelo exemplo, por instrução e conselhos, por meio de diretivas organizacionais em cartas a seus alunos e seguidores.
8 Broad Street, Lynn, Mass., Em abril de 1879, em Lynn, Massachusetts, a Associação de Cientistas Cristãos, com apenas doze membros, votou a resolução de organizar uma igreja. Seu propósito, conforme a Sra. Eddy o colocou, era o de “restabelecer o cristianismo primitivo e seu elemento de cura”. Sua primeira ideia foi a de chamá-la Igreja de Cristo. Contudo, para distinguir sua igreja das outras com esse mesmo nome, ela acrescentou a palavra de esclarecimento em parênteses, e, alguns meses mais tarde, o Estado de Massachusetts concedeu-lhe o alvará como “Igreja de Cristo (Cientista)”.
Os passos definitivos para a fundação de sua Igreja tiveram de esperar quase quinze anos, até a década de 1890.