Mrs. Eddy’s rented house at A reorganização de sua igreja começou em 1889, quando Mary Baker Eddy deixou Boston e estabeleceu-se em Concord, New Hampshire. Depois de duas décadas de trabalho árduo em Lynn e Boston, ela achava que havia chegado a hora de afastar-se das pressões incessantes sobre seu tempo, a fim de que pudesse tratar de outras necessidades. Primeiro, ela precisava revisar Ciência e Saúde.
Em seguida, ela precisava cuidar da proteção de sua descoberta, reformando e melhorando as organizações que havia estabelecido, começando por desativá-las. Primeiro, renunciou ao cargo de pastora da igreja em Boston. Em seguida, dissolveu sua própria organização de alunos (a Associação de Cientistas Cristãos), fechou a Faculdade de Metafísica de Massachusetts e deu instruções para a Associação Nacional de Cientistas Cristãos (que se reunia anualmente) para se reunir a cada três anos. Finalmente, ela dissolveu a organização formal da Igreja de Cristo (Cientista) em Boston. A igreja continuou, por estímulo dela, a realizar cultos dominicais, manter pregadores e conduzir outras reuniões.
Christian Science Board of Directors in 1893: Esses passos abriram o caminho para que ela terminasse uma grande revisão de Ciência e Saúde – a 50ª edição, publicada em janeiro de 1891. Seguiu-se a publicação de um relato de sua própria vida e obra em Retrospecção e Introspecção.
Finalmente, em 1892, Mary Baker Eddy dedicou-se a reorganizar sua igreja. Criou uma Escritura de Fideicomisso estabelecendo o Conselho de Diretores da Ciência Cristã como “um corpo perpétuo ou corporação” com o propósito de construir um prédio para a igreja e tratar de outros negócios.
Sob sua liderança, com esse Conselho responsável pelas atividades do dia-a-dia, sua igreja foi reorganizada como A Igreja Mãe, A Primeira Igreja de Cristo, Cientista, em Boston, Massachusetts. As igrejas locais seriam filiais da Igreja Mãe. Hoje existem igrejas filiais em países do mundo inteiro.