Depuis le début, Mary Baker Eddy et la Science Chrétienne furent en butte aux invectives et aux insultes. Ses enseignements défiaient la façon de penser traditionnelle, qu’elle soit religieuse, médicale ou scientifique, et certains membres de ces communautés eurent tôt fait de la dénoncer, elle et ce qu’elle enseignait. Plusieurs auteurs, notamment Mark Twain, écrivirent des biographies, des parodies et des attaques directes qui déformaient énormément les faits. D’un autre côté, un certain nombre de ministres du culte, de médecins et de biologistes examinèrent ce qu’elle enseignait et en virent les effets. Ils abandonnèrent leur vocation pour devenir des membres marquants du mouvement de la Science Chrétienne.
Les adversaires les plus intraitables étaient des élèves dépités qui voulaient renverser le Leader du Mouvement pour fonder leur propre mouvement. Plusieurs groupes séparatistes sortirent des rangs. Certains l’attaquèrent dans la presse, en essayant de monter l’opinion publique contre elle et la Science Chrétienne.
En juin 1899, Mary Baker Eddy fit parvenir un message à son église, à l’occasion du dimanche de communion. Par nature, ce message était un sermon, mais parmi les sujets abordés, l’auteur y parlait du péché en employant des mots très forts à propos de « la femme de Babylone », dont il est question dans le livre de l’Apocalypse.
Ancienne élève aigrie, Josephine C. Woodbury, prétendit que ces paroles la visaient personnellement. Un mois plus tard, elle intentait un procès en diffamation. Mrs. Woodbury avait pour avocat Frederick Peabody, qui passa une grande partie de sa carrière à attaquer la Science Chrétienne et son Leader. Il publia des articles, donna des conférences et fournit des faits déformés ainsi que de faux renseignements à des biographes hostiles.
Ce fut une période de persécution et de souffrance intenses pour Mary Baker Eddy. En 1901, au bout de deux années pendant lesquelles Woodbury tenta de gagner gain de cause dans la presse, le procès s’ouvrit enfin et un jugement fut rapidement prononcé en faveur de Mary Baker Eddy.
En mars 1907, un avocat, William Chandler, ancien sénateur de l’État du New Hampshire, intenta un procès, au nom d’un groupe de plaignants qu’on a appelés les « Proches » de Mary Baker Eddy. On comptait parmi eux, son fils George Glover, la petite-fille et le neveu de Mary Baker Eddy, Mary Baker Glover et George W. Baker et d’autres personnes. L’avocat adjoint de Chandler, Frederick Peabody, était l’avocat qui avait représenté Mrs. Woodbury.
Le procès des soi-disant « Proches » avait pour objectif officiel de déclarer Mary Baker Eddy, alors âgée de 85 ans, incapable de gérer ses affaires et ses revenus. Les plaideurs prétendaient que son personnel la manipulait pour prendre le contrôle de ses biens. Si le jugement était rendu en leur faveur, il ravirait à Mary Baker Eddy la gestion de ses affaires, mettant fin à son rôle de Leader du mouvement de la Science Chrétienne et portant le discrédit sur ses enseignements.
Le procès fut d’abord financé par New York World qui appartenait à Joseph Pulitzer, et qui, six mois auparavant, avait publié de longs articles à sensation qui affirmaient faussement que Mary Baker Eddy était gravement malade, qu’elle n’était pas en état de diriger ses affaires et qu’elle se trouvait sous la domination des membres de sa maisonnée.
Afin de déterminer si Mary Baker Eddy jouissait de toutes ses facultés, le juge Robert Chamberlin nomma un comité de trois experts chargé d’avoir une entrevue avec elle : un juge, un avocat du New Hampshire et un médecin spécialisé dans les cas d’aliénation mentale. Ce comité, en présence d’avocats représentant les deux parties, eut un entretien avec Mary Baker Eddy, chez elle, à Pleasant View. Ils constatèrent qu’elle était parfaitement capable de diriger ses affaires.
L’avocat de la partie adverse, se rendant compte qu’il lui serait impossible de gagner ce procès, retira la plainte quelques jours plus tard, avant qu’un verdict soit rendu. Dans des dizaines de journaux, aux États-Unis et même dans d’autres pays, des articles et des éditoriaux reconnaissaient la nature injuste de ce procès, déclarant qu’il s’agissait ni plus ni moins de persécution religieuse, et saluèrent le courage, la courtoisie et les facultés mentales dont Mary Baker Eddy avait fait preuve.
Une élève de Mary Baker Eddy, Mrs. Augusta Stetson avait participé à la fondation de Première Église du Christ, Scientiste, New York. Pendant presque toute la première décennie du xxe siècle, Mrs. Stetson tenta de se servir de cette église filiale afin de satisfaire son désir de succéder à Mary Baker Eddy en tant que Leader du mouvement de la Science Chrétienne. À la fin de 1909, son statut de membre de L’Église Mère lui fut retiré. Au début de 1910, grâce à l’intervention très opportune de Mary Baker Eddy, la fissure qui menaçait la structure de son église fut refermée.